Logen stiftades den 9 april 1960.
Den 10 februari 1960 samlades sex stycken förväntansfulla Enköpingsbor på ”Elsas konditori” i Enköping. I konditoriets övervåning fanns utrymme som lämpade sig för mindre sammanträden.
Sakkunniga hade även infunnit sig från logen Engelbrekt nr 619, Västerås samt från logen Kärnan nr 608, Helsingborg. Under mötet bestämdes att instiftande av logen Enköping nr 646 skulle ske i samband med logen Engelbrekt nr 619:s årsfest den 9 april 1960 i Västerås.
Under de första åren ägde sedan sammanträdarna rum på Enköpings stadshotell och under 1962 uppsattes en skylt med Vasaorden vid stadshotellets entré. Årsavgiften var då 25:-
1965 flyttade verksamheten från stadshotellet till Hotell Gästis. Nu började drömmen om egna lokaler att ta form och 1968 hyrde man en lokal på Sandgatan 40. Efter 2 år lämnade man dessa lokaler och flyttade verksamheten till Hantverksföreningens lokaler där man verkade fram till år 1985 då man flyttade över till Odd Fellows lokal på Källgatan 23.
För att säkra en organisations framtid insåg Orden ganska snart att man måste intressera yngre människor för verksamheten. Därför bildades 1967 en ungdomsloge vid namn Club Americana nr 169. Ungdomslogen bestod av naturliga skäl mest av skolungdomar och när dessa sedan avslutat sin skolgång i Enköping flyttade de flesta aktiva medlemmarna till andra orter och verksamheten lades ner efter 4-5 år.
Genom ett samarbete 1979 mellan logen Enköping nr 646 och Lagunda hembygdsförening kunde en minnessten resas över Eric Jansson som 1846 grundade Bishop Hill Colony i Illinois , USA. Minnesstenen avtäcktes på den plats i Landsberga gamla bondby i Biskops kulla socken mellan Enköping och Uppsala där Eric Jansson föddes år 1808.
Tillsammans med Logen Upsala nr 623 utformades ett förslag till en reliefkarta över Sverige med samtliga lokalloger utmärkta. Konstnären Göran Lacksell utförde modellen, vilken ställdes ut på Enköpings museum 1994, var efter den fördes vidare till USA. Idag finns Sverigemodellen att beskåda i Vasa arkivet i Bishop Hill.
I samband med firandet av logens 35-åriga tillvaro lyckades man få ÅSA dvs årets svensk Amerikan 1995 Mr Richard Oldenburg med hustru att besöka staden. Även 2010 hade logen besök av ÅSA, Mr John Norton. Värd för denna dag var Enköpings kommun.
Medlemmarna i logen Enköping har under åren haft ett gott utbyte med andra loger och även god kontakt med ett antal loger i USA.
Våra vänloger i USA är Desert Viking nr 682, Palm Spring, Kalifornien, Bishop Hill nr 683, Bishop Hill, Illinois samt Solidaritet nr 396, Mount Vernon, Washington State.
Logen Enköping har även kontakt med andra loger i Amerika exempel vis i Chicago, Denver, Milwaukee och Kansas City.
I samband med logens 50-årsjubileum 2010 hyllades 5 medlemmar som varit med sedan startåret 1960: Kerstin och Thore Gryse, Ingrid och Alan Tammerfors samt Inga-Britt Nyberg. Jubiléet besöktes av 11 svenska loger från Sundsvall i norr till Lidköping i söder.